ചക്രം ,ശംഖ് എന്നിവ ധരിച്ചവനും നാലുകൈകളോടുകൂടിയതും പൂര്‍ണ്ണ വൈഷ്ണവ തേജസ്വരൂപിയുമായ വൈകുണ്‌ഠേശ്വര സന്താനഗോപാല മൂര്‍ത്തി ഭാവത്തിലുള്ള പ്രതിഷ്ഠയുള്ള ക്ഷേത്രം .ദക്ഷിണേന്ത്യയില്‍ തന്നെ അപൂര്‍വ്വമാണ് ഈ ക്ഷേത്രെമെന്നാണ് കരുതുന്നത്.രണ്ടു കൈകളില്‍ ശംഖും സുദര്‍ശനചക്രവും, മറ്റു രണ്ടു കൈകളില്‍ കിടക്കുന്ന ഒരു കുഞ്ഞുമായ രൂപമാണ് പുഴവാത് ശ്രീവൈകുണ്‌ഠേശ്വര സന്താനഗോപാലമൂര്‍ത്തി ക്ഷേത്രത്തിൽ .സന്താനഗോപാലമൂർത്തി പൂർണ്ണത്രയീശഭാവത്തോടുകൂടി ദക്ഷിണേന്ത്യയിൽ കുടികൊള്ളുന്ന ഏക ക്ഷേത്രം എന്നതും ഇവിടുത്തെ പ്രത്യേകതയാണ്.

 അകമഴിഞ്ഞ ഭക്തിയോടെ സന്താനഗോപാലമൂർത്തിയെ ഉപാസിച്ചാൽ ദമ്പതികൾക്ക് ദോഷങ്ങൾ അകന്ന് ഇഷ്ട സന്താനലബ്ധി വരമായി ലഭിക്കുമെന്നാണ് ഇവിടുത്തെ വിശ്വാസം. ക്ഷേത്രത്തെക്കുറിച്ച് കേട്ടറിഞ്ഞ് ജാതിമതഭേദമന്യേ അന്യദിക്കുകളിൽ നിന്നുപോലും ആളുകൾ അനുഗ്രഹം തേടി ഇവിടെ വന്നുചേരുന്നു. 

 300 വർഷത്തെ പഴക്കമാണ് സന്താനഗോപാലമൂർത്തി പ്രതിഷ്ഠയ്ക്ക് ഉള്ളതെങ്കിലും ദേവ പ്രശ്നങ്ങളിൽ തെളിയുന്നത് പ്രകാരം ആയിരക്കണക്കിന് വർഷങ്ങൾക്ക് മുൻപു തന്നെ ഇവിടെ ക്ഷേത്രം നിലനിന്നിരുന്നു. കാലങ്ങളോളം വിഷ്ണുക്ഷേത്രമായി തുടർന്നിരുന്ന ഇവിടം സ്വാതിതിരുനാൾ രാമവർമ മഹാരാജാവിന്റെ ജനനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടാണ് ഇന്ന് കാണുന്ന നിലയിൽ സന്താനഗോപാലമൂർത്തി പ്രതിഷ്ഠയോടെ പുനർ നിർമ്മിക്കപ്പെട്ടത്.  

ചരിത്രപ്പെരുമകൊണ്ടും പ്രതിഷ്ഠാ മഹാത്മ്യംകൊണ്ടും ഏറെ പ്രസിദ്ധം. ഒരുകാലത്ത് ലക്ഷ്മീപുരം കൊട്ടാരം വക ക്ഷേത്രമായിരുന്നതിനാൽ കൊട്ടാരം അമ്പലം എന്നാണ് സമീപപ്രദേശങ്ങളിൽ ഈ ക്ഷേത്രം അറിയപ്പെടുന്നത്. സന്താനങ്ങൾ ഇല്ലാതെ മനംനൊന്ത് കഴിയുന്ന ആയിരങ്ങൾക്ക് ആശ്വാസമായി കൈകളിൽ ശിശുവിനെയേന്തി കുടികൊള്ളുന്ന സന്താനഗോപാലമൂർത്തിയാണ് പ്രതിഷ്ഠ. മഹാവിഷ്ണുവിന്റെ അത്യപൂർവ ഭാവത്തിലുള്ള ഈ പ്രതിഷ്ഠയുള്ളത് ദക്ഷിണ അമ്പാടി എന്നറിയപ്പെടുന്ന വൈകുണ്ഠേശ്വര സന്താനഗോപാല മൂർത്തി ക്ഷേത്രത്തിലാണ്.

1766ല്‍ ഹൈദരാലിയുടെ മലബാര്‍ ആക്രമണ സമയത്ത് പരപ്പനങ്ങാടിയില്‍ നിന്നും തിരുവിതാംകൂറിലേക്ക് പലായനം ചെയ്ത് തിരുവിതാംകൂര്‍ മഹാരാജാവായ ധര്‍മ്മരാജാവിനെ അഭയം പ്രാപിച്ച മൂന്ന് രാജകുടുംബങ്ങളില്‍ ഒന്നിനെ ചങ്ങനാശേരിയിലും മറ്റ് രണ്ട് രാജകുടുംബങ്ങളെ ഹരിപ്പാടും തിരുവനന്തപുരത്തും പാര്‍പ്പിച്ചു. 

ചങ്ങനാശേരി കൊട്ടാരത്തിലെ ഒരംഗമായിരുന്ന ശ്രീ രാജരാജ വര്‍മ്മ തമ്പുരാന്‍ തിരുവിതാംകൂര്‍ രാജ കുടുംബത്തിലെ ലക്ഷ്മിഭായി തമ്പുരാട്ടിയെ 1804ല്‍ വിവാഹം ചെയ്യുകയും ചങ്ങനാശേരി ലക്ഷ്മീപുരം കൊട്ടാരം എന്ന പേരില്‍ പുതിയ കൊട്ടാരം പണികഴിപ്പിച്ച് അവിടെ താമസിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. തുടര്‍ന്ന് ലക്ഷ്മിഭായി തമ്പുരാട്ടി തിരുവിതാംകൂര്‍ രാജ്യത്തെ റാണിയായി അവരോധിക്കപെട്ടു. തുടര്‍ന്ന് രാജ്യം ഏറ്റെടുക്കുവാന്‍ പുരുഷന്‍മാര്‍ ആരും ഇല്ലായിരുന്നതിനെ തുടര്‍ന്ന് അനന്തരവകാശിയായി ഒരു പുരുഷസന്തതിയെ ലഭിക്കുവാന്‍ പലവിധ വ്രതങ്ങളും വഴിപാടുകളും നടത്തി. 

ദേവപ്രശ്‌നത്തില്‍ കണ്ടതനുസരിച്ച് പുഴവാത് ക്ഷേത്രത്തില്‍ പൂജയും പ്രാര്‍ത്ഥനയും നടത്തിയതിന്‍റെ ഫലമായി സ്വാതി തിരുനാള്‍ രാമവര്‍മ്മ മഹാരാജാവ് ജനിച്ചു. ഗര്‍ഭപാത്രത്തില്‍ വെച്ച് രാജ്യാവകാശിയായി മാറിയ അദ്ദേഹം ഗര്‍ഭശ്രീമാന്‍ എന്ന പേരില്‍ പിന്നീട് അറിയപെട്ടു എന്നുമാണ് ചരിത്രം.

സന്താനഗോപാലവ്രതമാണ് ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന വഴിപാടുകളില്‍ ഒന്ന്. കന്നിമാസത്തിലെ കറുത്തവാവ് കഴിഞ്ഞ് തൊട്ടടുത്തുള്ള വെളുത്ത വാവിലാണ് വ്രതം അനുഷ്ടിക്കുന്നത്. തലേ ദിവസത്തെ അരി ആഹാരം ഒഴിവാക്കി കൊണ്ടാണ് വ്രതാനുഷ്ടാനത്തിന് തുടക്കം കുറിക്കേണ്ടത്. പിറ്റേന്ന് ക്ഷേത്രത്തിലെത്തി ഭക്തി ശുദ്ധിയോടു കൂടി വഴിപാടുകളും ക്ഷേത്രത്തിലെ അന്നദാനവും കഴിച്ച് പുഷ്പാഭിഷേകവും ദീപാരാധനയും കണ്ടു തൊഴുത് അടുത്ത ദിവസം വീടിനടുത്തുള്ള ക്ഷേത്രത്തില്‍ പോയി തൊഴുന്നതോടെ വ്രതം മുറിക്കാം. 

5 വയസിന് താഴെ ഉള്ള കുട്ടികള്‍ക്ക് ഉണ്ണിയൂട്ട് നടത്തുന്നതും ഇവിടുത്തെ പ്രധാന വഴിപാടുകളില്‍ ഒന്നാണ്. ഇതില്‍ പങ്കെടുക്കാനായി ദൂരദേശങ്ങളില്‍ നിന്നുപോലുമാണ് ഇവിടെ വിശ്വാസികൾ എത്തുന്നത്. കോട്ടയം ജില്ലയിലെ ചങ്ങനാശ്ശേരി പുഴവാതിലാണ് ക്ഷേത്രം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്. കോട്ടയത്തു നിന്ന് 20 കിലോമീറ്ററും ചങ്ങനാശ്ശേരി നഗരത്തില്‍ നിന്ന് 2 കിലോമീറ്ററും സഞ്ചരിച്ചാല്‍ ഇവിടെയെത്താം.